常规农业是以大量的化肥来维持高产，但有机农业理论认为，土壤是一个有生命的系统，施肥首先是培育土壤，土壤肥沃了，会增殖大量的微生物，再通过土壤微生物的作用供给作物养分。 

有机农业土壤培肥是以根－微生物－土壤的关系为基础，采取综合措施，改善土壤的物理、化学、生物学特性，协调根系－微生物－土壤的关系。 

1）土壤肥料培植了大量微生物 

微生物是生态系统的分解者，微生物以土壤中的肥料作为食物，使自身数量得到大量增殖，所以，土壤的肥力不同，土壤微生物的丰富度、呼吸商、土壤酶活性、原生动物和线虫的数量和多样性均不相同。 

2）根系自身可培养微生物，并具有改良土壤的作用 

目前，根际微生物倍受关注。所谓根际微生物，就是生活在根际表面及其周围的微生物。作物根一方面从土壤吸收养分供给植物，另一方面又将叶片制造的养分及根的一部分分泌物排放到土壤中。根的分泌物包括糖类和其他富含营养的物质，数量大约占光合产物的10%~20%，土壤微生物以此为营养大量聚集到根的周围，并在那里生存、繁殖。此外，根系的分泌物中还包含果胶类粘性比较强的物质，它们可将土壤粒子粘在一起，促进土壤的团粒化。 

3）微生物可以制造和提供根系生长的养分 

微生物不仅接受根系的分泌物，以它为食物进行繁殖，而且制造氨基酸、核酸、维生素、生物激素等物质，供根系吸收。根际微生物也可将肥料中的养分变成根系可吸收的形态，供给作物根系吸收，使根系与根际微生物形成共生。 

4）微生物将土壤养分送至根系 

微生物可将土壤中难于被作物吸收的养分（不可利用态）变成容易被作物吸收的养分，或把根系不能到达位置的养分送到根部，所以根际微生物具有帮助作物稳定吸收土壤养分的作用，如AV菌根菌可以帮助植物吸收磷、镁、钙及铜、锌等微量元素。 

5）生物可以调节肥效，当肥料不足时，微生物能促进肥效 

当根系养分过多时，微生物吸收丰富的无机养分贮藏到菌丝体内，使根系周围的养分浓度逐渐降低；当肥料不足时，随着微生物的死亡，被菌丝吸收的养分又逐渐释放出来，被作物吸收。这是微生物为了自身的生存而适应环境的结果。 

6）微生物制造的养分，可以提高作物的抗逆性，改善产品的品质 

微生物在活动中或死亡后所释放的物质，不仅是氮、磷、钾等无机养分，还有多种氨基酸、维生素、细胞分裂素、植物生长素、赤霉素等植物激素类生理活性物质，它们刺激根系生长，叶芽和花芽形成，果实肥大，固形物增加，提高作物的抗逆性，改善产品品质。